| 1巻（KCBM973・2003/6/6） | ||
|---|---|---|
 | 第1話 魂の剣に選ばれし者 | コミックボンボン2002年9月号掲載 |
| 第2話 デジタル剣の秘密 | コミックボンボン2002年10月号掲載 | |
| 第3話 剣がひきだす技とスピード | コミックボンボン2002年11月号掲載 | |
| 第4話 二人の武蔵、剣術バトル | コミックボンボン2002年12月号掲載 | |
| 第5話 伝説の忍者が選ぶ者 | コミックボンボン2003年1月号掲載 | |
| 2巻（KCBM995・2003/12/5）< | ||
 | 第6話 特訓で能力をアップせよ! | コミックボンボン2003年2月号掲載 |
| 第7話 進化するデジタル剣 | コミックボンボン2003年3月号掲載 | |
| 第8話 発動!? 柳生一族の剣 | コミックボンボン2003年4月号掲載 | |
| 第9話 忍びよる謎の刺客 | コミックボンボン2003年5月号掲載 | |
| 第10話 襲撃! ねらいはデジタル剣 | コミックボンボン2003年6月号掲載 | |
| 第11話 武蔵の剣法復活!! | コミックボンボン2003年7月号掲載 | |
| 3巻（KCBM1008・2004/8/6） | ||
 | 第12話 必殺!! 武蔵の二刀流 | コミックボンボン2003年8月号掲載 |
| 第13話 柳生一族の陰謀をくだけ | コミックボンボン2003年10月号掲載 | |
| 第14話 終結!! 富士樹海の攻防戦!! | コミックボンボン2003年11月号掲載 | |
| 第15話 強襲!! 黒侍軍団 | コミックボンボン2003年12月号掲載 | |
| 第16話 選ばれし者の決意!! | コミックボンボン2004年1月号掲載 | |
| 第17話 とらわれのデジタル剣士 | コミックボンボン2004年2月号掲載 | |
| 第18話 魔道の王 降臨! | コミックボンボン2004年3月号掲載 | |
| 4巻（KCBM1011・2004/10/6） | ||
 | 第19話 恐るべし 柳生剣パワー | コミックボンボン2004年4月号掲載 |
| 第20話 剣豪の魂 真の力発現! | コミックボンボン2004年5月号掲載 | |
| 第21話 デジタル剣士の最終進化 | コミックボンボン2004年6月号掲載 | |
| 第22話 怨念が生む魔道の力 | コミックボンボン2004年7月号掲載 | |
| 第23話 戦の連鎖を断ち切れ! | コミックボンボン2004年8月号掲載に加筆修正 | |